„Die Klonkriege wüten und die Galaxis ist gespalten: Auf der einen Seite steht die Republik, angeführt von Kanzler Palpatine und dem Senat. Eine Gruppe von Jedi befehligt die Streitkräfte der Republik und führt treue Klontruppen in die Schlacht. Auf der anderen Seite stehen die Separatisten.“ (9)
Vier Geschichten aus „Star Wars The Clone Wars“ erzählen die Auseinandersetzungen der Republik mit den Separatisten rund um den aufständischen Count Dooku. Die Jedi Ritter, angeführt vom Jedi Meister Yoda und seinen gefürchteten Kämpfern Mace Windu, Obi Wan Kenobi und seinem Schüler Anakin Skywalker u.a. versuchen die Angriffe der Separatisten auf verschiedene Planeten zurückzuweisen. Noch ahnen sie nicht, dass die Separatisten von einem geheimnisvollen Meister beherrscht werden, der sich unerkannt in der Machtspitze der Republik befindet.